Submarine Super 99 è ambientato in un imprecisata decade del XXI secolo, durante la quale la Terra è nella morsa totalitaristica dell'Impero Oceanico, il quale esige il controllo assoluto di tutte le partenze dalla Terra. L'unica speranza di libertà è il sottomarino Super 99, progettato dal dottor Juzou Oki. Ambientazioni suggestive e trama a metà strada tra sci-fi e spy story.