È il 21 ottobre del 1600, e la battaglia di Sekigahara si è conclusa. Al suolo, sopravvissuti in mezzo a cadaveri e armi, si trovano Takezo Shinmen e Matahachi Honiden, due amici arruolatisi nelle file di Toyotomi nella speranza di ottener gloria nella battaglia. Così inizia Vagabond. I due ragazzi si trovano a dover affrontare molti pericoli per tornare al villaggio Miyamoto, da cui provenivano; difatti, gli appartenenti alle truppe sconfitte venivano cercati sia dagli abitanti delle zone limitrofe al campo di battaglia, per vendetta, sia dai soldati vincitori, che cercavano i nemici per eliminarli. Sulla strada per il ritorno, feriti e ammalati, vengono raccolti e salvati da due donne, Oko e sua figlia Akemi. Ospitati da loro, i ragazzi le salvano da Tenma Tsujikaze, il capo di una banda di nobushi (briganti che spogliano i cadaveri dei soldati di armi e armature) oltre che l’uomo che aveva ucciso il marito di Oko; a seguito della contesa, Matahachi e Takezo si separano: il primo va via con Oko, abbandonando così sia Otsu, la fidanzata che lo attendeva nel suo villaggio, sia Takezo, lasciato a combattere da solo contro numerosi banditi giunti per vendicare il loro capo; il secondo, si reca al villaggio Miyamoto, per avvertire Otsu del fatto che il suo promesso sposo è vivo, ma che non tornerà. Giunto al villaggio Miyamoto, Takezo dovrà difendersi dalle trame della madre di Matahachi, che non crede alla storia raccontatale da Takezo, dagli abitanti del villaggio, che devono catturarlo in quanto ricercato dalle autorità, e dai Kohei Tsujikaze, fratello di Tenma. Dopo aver mietuto numerose vittime, Takezo viene catturato da Otsu, grazie ai suggerimenti del monaco Takuan. Takezo rimarrà per diversi mesi appeso ad un albero, esposto alle intemperie e alla derisione, fin quando, a seguito del tentativo di ucciderlo da parte di Tsujikaze, Takuan decide di liberarlo, ribattezzandolo Musashi Miyamoto.