La storia ruota attorno al giovane Teito Klein, unico sopravvissuto del Regno di Raggs dopo il conflitto contro l'Impero di Barsburg. È inoltre portatore dell'"Occhio di Mikael", un magico artefatto custodito dal Regno di Raggs fino alla sua decadenza, imprigionato nella sua mano destra. Viene catturato dal nemico e istruito all'Accademia militare per via del suo raro potere, lo Zaiphon, che impiega le parole come arma offensiva. Teito ricorda il suo passato solo in modo molto confuso attraverso visioni ricorrenti. Durante gli studi conosce il suo unico amico, Mikage, al quale prometterà fiducia e protezione reciproca. Nel corso di un esame per avanzamento di grado, Teito incontra lo spietato generale Ayanami e, attraverso una visione, lo identifica come l'assassino di suo padre. Ayanami fa rinchiudere il ragazzo nelle prigioni dell'Accademia, ma Mikage corre in soccorso dell'amico e lo aiuta ad evadere.